В 1865-1866 годах состоялась экспедиция в район Амазонки, в которой принял участие Л. Агасси (Louis R. Agassiz). В последовавшей за этим работе он сообщает о большом количестве цихлид, большинство из которых сегодня можно классифицировать, как относящихся к роду роду апистограмма (в то время род апистограмма еще не был описан).

Часть этого материала позднее, в 1875 году, было рассмотрена и обработана австрийским ихтиологом Ф. Штайндахнером (Franz Steindachner). В своей работе он отказал Mesops в статусе рода и понизил его до статуса подрода в роде Geophagus. В подрод были включены следующие рыбки: Geophagus (Mesops) cu pido (в настоящее время - Biotodoma cu-pido (Heckel, 1840)), G. (М.) thayeri (в настоящее время - Acarichthys heckelii (Muller&Troschel, 1848)), G. (M.) taeniatus (в настоящее время - Apistogramma taeniata (Gunther, 1862)), G. (M.) agassi-zii (в настоящее время - Apistogramma agassizii (Steindachner, 1875)).

В 1902 году Пеллегрен (Pellegrin) создаёт свой список южно-американских цихлид, взяв за основу коллекцию рыб, собранную Жобером (Jobert) в Бразилии в 1878 году. Среди других видов вновь упоминается Geophagus (Mesops) taeniatus. С сегодняшней точки зрения в работе было много неточностей. Однако работа Пеллегрена заслуживает упоминания, так как он был первым, кто заявил, что позиция глаз, которая первоначально считалась характерной чертой родов рыб, схожих с геофагусами, имеет меньшую важность, чем структуры жабр и боковой линии.

В 1905-06 годах английский ихтиолог Ч. Реган (Charles Tate Regan (1878-1943)), работавший в Британском Лондонском Музее, провел обширную ревизию американских цихлид - с большей точностью и основательностью, чем Пеллегрен (Pellegrin) (Regan, C.T. "A revision of the South-American cich-lid genera Retroculus, Geophagus, Het-erogramma, and Biotoecus". Ann. Mag. nat. Hist. (7), 17: 49-66, 1906.). Он не принял полностью мнение Пеллегрена, однако сформировал диагностические критерии, которые приближались к критериям Пеллегрена.

Для карликовых цихлид он предложил название Heterogramma, но типовой вид вновь не был назван. По мнению Регана, по сравнению с родом Geophagus, новый род в первую очередь характеризовался меньшим количеством жестких лучей в спинном плавнике (5-7 против 9-14 у Geophagus), а во вторую очередь - верхним расположением боковой линии, находящейся ближе к основанию спинного плавника.
В 1913 году Реган обнаруживает, что название Heterogramma уже было дано ранее другой группе животных (бабочки, Billberg, 1820 или Guenee, 1854), поэтому он предложил использовать вместо него название Apistogramma (в переводе с греческого оба названия означают почти одно и то же - "hetero" и "apisto" - "изменчивый, разный", "gramma" - линия). На этот раз был назван типовой вид, которым стал Mesops tae-niatus Понтера - Apistogramma taeniata (Gunther, 1862). (Regan, СТ.. Fishes from the River Ucayali, Peru, collected by Mr. Mounsey. Ann. Mag. nat. Hist. (8), 12: 281-283, 1913). С этого момента и до наших дней этот род рыб называется апистограммой.

В 1954 году Фовлер (Fowler) описывает новый монотипный род - Pintoi-chthys (в честь доктора Пинто (Oliverio Mario de Oliveira Pinto). Род был создан для Biotodoma trifasciatus Eigenmann & Kennedy, 1903 (на сегодня - Apistogramma trifasciata (Eigenmann & Kennedy, 1903) (Fowler, H.W. "Os peixes de agua doce do Brasil". Volume II. Archos Zool. S. Paulo, 9: 1-400, 1954). Но так как это название было дано позже названия Apistogramma, то оно является только его синонимом.
Позже различные исследования и работы по апистограммам проводились Мейнкеном (Meinken), 1962, Гольдштейном (Goldstein), 1970, Кулландером (S. Kullander), 1980, 1986, Шметкампом (Schmettkamp), 1982 год, Кословским (Koslowski), 1985, 2002, 2005, Ромером (Romer), 2000, 2006 Стэком (Staeck), 2001, 2003.