Для улавливания различных частичек, плавающих в воде, пропускают воду аквариума через какой-либо фильтрующий материал. В роли таких материалов используют: поролон, синтопон, песок, мелкий гравий, мочалку из капроновых нитей и т.д. От плотности материи зависит тонкость очистки. Движение воды через фильтрующий материал создают помпами или эрлифтами. Механический фильтр требует регулярной промывки фильтрующего материала.