Механическая - фильтр служит для задержки крупного, не растворенного в воде, мусора. Поскольку экскременты рыб и остатки пищи являются источником токсичного аммиака, то наилучший способ не допустить гниения - это удалить их из аквариума (к тому же крупный мусор в аквариуме некрасиво выглядит). Что и достигается путем использования крупноячеистого фильтра или губки, которей регулярно надо промывать. К подобной механической фильтрации можно и отнести и регулярную чистку дна сифоном, которую надо делать при каждой смене воды. Механическая фильтрация может использоваться и для очистки воды от взвешенных частиц, например, с использованием диатомового фильтра, который способен даже отфильтровать водоросли, вызывающие "зеленую воду".
Химическая - фильтр удаляет растворенные в воде вещества. Наиболее популярным видом химической фильтрации является использование активированного угля. Другим способом является использование различных ионообменных смол (например цеолита (zeolit) для удаления аммиака из воды). К химической фильтрации можно отнести и флотационные колонки (protein skimmer), которые удаляют органические молекулы из воды прежде чем они будут разложены с выделением аммиака. Озонаторы тоже в какой то степени выполняют химическую фильтрацию путем окисления органики.
Биологическая - наиболее важный вид фильтрации, в результате которого токсичный аммиак преобразуется в нетоксичные нитраты. Это осуществляется бактериями, Подробно данная фильтрация рассмотрена ниже. К этому же типу фильтрации можно отнести и поглощения аммиака, нитратов, фосфатов и других веществ растениями и водорослями. Подробней это описано в разделе про водоросли.
Между этими видами фильтрации нельзя провести четкой границы. например, механический фильтр или активированный уголь служат и местом заселения бактерий, которые разлагают аммиак. Среда для биофильтрации задерживает мусор и т.д. Поэтому надо говорить о совокупности всех видов филтрации.